一定の要件※を満たすことで、紙による保存で検索要件が不要となる場合がありますが、電子データでの保存は必要です。
※売上5千万円以下、または明瞭な状態保存されており調査時に提出の要求に応じられる場合は、電子取引の検索要件は免除できる。しかし、電子の状態での保存は必須です。

検索要件：
① 取引年月日その他の日付、取引先の検索
② 日付、金額の範囲指定による検索
③ ２以上の任意項目の組み合わせによる検索

どの書類を電子保存するかは、取引の状況によります。
原則として、現在書類（紙）で保存を行っている文書の授受を電子にした場合、電子帳簿保存法に対応した保管方法で電子データの保存が必要です。

電子保存する際には、以下のいずれかの保存方法で書類を保管する必要があります。
1. 相手先にてタイムスタンプが付与された後、電子データの授受を行う
2. 授受後に自社でタイムスタンプの付与を行う
3. データの訂正削除を行った場合に、その履歴が残るシステム、または訂正削除が出来ないシステムを利用
4. 正当な理由がない訂正削除の防止に関する事務処理規定を定め運用する

電子データとして請求書の発行側で必ずしもタイムスタンプを付与する必要はありませんが、後日請求内容に疑義が生じることを防止するため、タイムスタンプを付与することで、保全することが可能です。

入力内容の書類に対して個別に改ざん検知ができるような形式で保存できれば、一つのPDFにまとめることは可能です。
ただし、一般的なPDFの改ざん検知では個別のページでの改ざん検知ができない場合が多いので、あまりおすすめしません。
セイコーソリューションズのサービスでは、一つの案件に複数のPDFを登録できる機能がありますので、１つにまとめなくても登録できます。

タイムスタンプの検証がエラーとなりますが、タイムスタンプの有効期間が切れてもPDFは閲覧することは可能です。
有効期限が切れても即座に証拠能力がなくなるわけではありませんが、タイムスタンプの有効期限延長は不可能になりますのでご注意ください。

期間を指定して保存された複数の電子データが改ざんされていないか、タイムスタンプの改ざん検知機能を用いて検証する機能です。